1.Identification of stemness molecular subtypes in esophageal squamous cell carcinoma via integrated bioinformatics and machine learning algorithms
Chinese Journal of Cancer Biotherapy 2026;33(5):510-520
[摘 要] 目的:基于干性相关基因鉴定食管鳞状细胞癌(ESCC)干性相关分子亚型,并构建亚型分类器,以期为预测ESCC患者治疗反应提供参考。方法:从StemChecker数据库获取26个干性相关基因集,对源自TCGA-ESCC及GSE53625数据库的259例ESCC样本转录组数据采用单样本基因集富集分析算法进行量化,随后通过一致性聚类法鉴定ESCC干性亚型,并系统评估了不同亚型在预后特征、肿瘤微环境、干性生物学过程及治疗反应等方面的差异。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定ESCC干性亚型核心基因集,并基于随机森林、XGBoost和神经网络三种机器学习算法构建并验证ESCC干性亚型分类器。结果:基于26个干性基因集的单样本基因集富集分析量化结果,将ESCC划分为两种干性亚型(命名为C1与C2),259例ESCC样本中,109例归为C1亚型,150例归为C2亚型,二者在细胞分子特征、免疫微环境及治疗反应方面呈现显著差异。与C1亚型相比,干性C2亚型表现为不良预后[Kaplan-Meier分析显示C2亚型总生存期显著短于C1亚型(log-rank P = 0.028)]、更强干性特征、更高水平的M2型巨噬细胞浸润、癌症相关成纤维细胞含量及间质评分;治疗策略方面,TIDE算法预测C1亚型免疫治疗应答率为54.13%(59/109),显著高于C2亚型的24.00%(36/150)(P < 0.01),表明C1亚型患者更可能从免疫治疗获益;而C2干性亚型患者对顺铂、吉西他滨及多西他赛的敏感性更高。WGCNA在TCGA-ESCC队列中鉴定出蓝色模块,在GSE53625队列中筛选出黑色模块,这两个核心基因模块与C2干性亚型最具相关性。整合双队列模块基因集后,最终确定7个基因作为C2干性亚型的核心基因。基于7个基因转录组数据在训练集构建了机器学习分类模型,并在独立验证集中通过混淆矩阵结果证实了相较于XGBoost和神经网络模型,建立的随机森林干性分型模型准确率达86.92%,AUC为0.91(95% CI:0.86~0.96),显著优于XGBoost(P < 0.001)和神经网络(P < 0.01)。结论:揭示了ESCC干性异质性,所构建的随机森林干性亚型分类器有助于实现ESCC患者的分子分型及个体化治疗方案的精准选择。
2.Observation on the effect of adoptive immunotherapy with activated autologous lymphocytes in the treatment of primary hepatocellular carcinoma
YANG Yanli1 ; LIAO Li1 ; ZHANG Jing1 ; SUN Peng1 ; TAKASHIMA Kenichi2 ; YANG Yuhui2 ; ZHANG Bin1 ; HU Liangding1
Chinese Journal of Cancer Biotherapy 2021;28(11):1098-1106
[摘 要] 目的:评价活化自体淋巴细胞过继性免疫治疗(adoptive immunotherapy,AIT)是否有助于改善原发性肝细胞癌的临床疗效。方法:选取2016年8月至2018年12月在中国人民解放军总医院第五医学中心确诊的64例原发性肝细胞癌患者,通过分层随机法分为免疫治疗组(n=29)和对照组(n=35)。免疫治疗组患者取60 ml外周血分离制备单个核细胞并在含OKT-3和IL-2的培养基中活化培养,回输前进行质控检测。免疫治疗组中的Ⅰ~Ⅲ期患者(n=14)于一线治疗后接受自体淋巴细胞输注(3个月内输注6次),Ⅳ期患者(n=15)仅接受自体淋巴细胞输注;对照组患者接受肝细胞癌相关的其他治疗。疗效评估的主要终点是2年无复发生存(relapse-free survival,RFS)率,次要终点为无进展生存期(progression-free survival,PFS)和总生存期(overall survival,OS)。结果:入组患者中位随访时间为2.8年(0.2~4.2年)。免疫治疗组29名患者共接受了167次(计划174次,完成率96%)预定淋巴细胞输注(平均每人次回输9.30×109个细胞,其中CD3+HLA-DR细胞约占63%),治疗期间未观察到3级或4级不良反应发生。与对照组相比,免疫治疗组患者2年RFS率显著升高(62.1% vs 22.9%,OR=0.181,95%CI:0.06~0.54,P=0.002),中位PFS(28 vs 8个月,P=0.004)和中位OS(38 vs 34个月,P=0.915)均显著延长。在Ⅰ~Ⅲ期患者中,免疫治疗组(n=14)2年RFS率较对照组(n=18)显著升高(92.9% vs 33.3%,OR=0.38,95%CI:0.004~0.368,P=0.005),中位PFS明显延长(38 vs 14.5个月,P=0.005),而两组OS间无显著差异;Ⅳ期患者两组间PFS(P=0.077)及OS(P=0.994)均未见显著差异。结论:活化自体淋巴细胞AIT为安全可行的肝细胞癌辅助性治疗方法,可提高Ⅰ~Ⅲ期肝细胞癌一线治疗后RFS率、延长患者RFS时间,而对进展期肝细胞癌患者的PFS和OS无明显影响。

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